幕府的灭亡

继公武合体运动的破产，“公议政体”派代之崛起。其政治理想主要是一种吸收了欧美上下两院议会制度，通过公武合体、诸侯会议谋求革新幕藩体制的设想，反对武力倒幕，幻想将军自动放弃政权，成立以诸侯会议为基础的封建联邦。

1867年6月，坂本龙马与后藤象二郎同船从长崎去京都时，坂本曾向后藤提出关于建立新国家的8条基本纲领，即“船中八策”，可以说这是“公议政体”派政治纲领的初步草案。1867年6月22日，缔结了以实现“奉还大政”为目标的萨、土盟约，使“船中八策”更加具体化。接着，萨、土、安艺三藩之间于9月缔结了倒幕军事协定。土佐藩藩主山内容堂在后藤的说服下，也认为：在讨幕运动愈演愈烈的形势下，奉还大政是德川氏的唯一出路，因而劝说江户幕府第15代将军德川庆喜向天皇交还政权。

1867年10月14日庆喜接受劝告，为了挫败讨幕运动，向天皇奏请“奉还”大政。然而在公议政体派积极奔走活动的同时，讨幕派也在紧锣密鼓地策划武装倒幕。萨摩藩的大久保利通等与长藩讨幕派领袖木户孝允等会见，商讨出兵讨幕和控制天皇（即所谓“夺玉”）问题。就在庆喜提请“奉还”大政的同一天，讨幕派也接到了《讨幕密敕》。15日，将军庆喜得到天皇批准其奉还大政的敕书和三项指示：（1）天皇收回最高政权；（2）迅即召集诸侯会议，决定一切政务；（3）在未召开诸侯会议之前，仍由将军照旧统治领地领民。这样，将军事实上又重新掌握了内政外交的实权，而这也正是幕府所希望的。

其实，庆喜上奏“大政奉还”并无诚意，只不过是使倒幕派师出无名而保存幕府实力的缓兵之计。木户、西乡、大久保等倒幕派识破了公议政体派的阴谋，更加坚定了武力倒幕的决心。他们利用京阪地方爆发“可好啦”骚动的有利时机，集结与部署兵力。至年底，萨、长、安艺三藩大军集聚在京阪神地区，摆开了和幕府决战的阵势。倒幕派还通过倾向倒幕的朝廷公卿，紧紧地控制住天皇这块“玉”，以便正大光明地举行讨幕战争。

另一方面，“大政奉还”也确实鼓舞了公议政体派，以会津、桑名两藩为首的佐幕派在大阪集中海陆军部队，妄图维护幕权。11月15日，倒幕志士坂本龙马和中冈慎太郎被暗杀。大久保、岩仓等决定于12月9日发动“王政复古”的宫廷政变。同时大久保、西乡写信给岩仓说：“实行决战，死中求生，乃当前之急务”，明确指出以武力迫使德川庆喜“辞官纳地”是唯一出路，警告岩仓莫再犹豫而错失良机。

1867年12月9日晨，倒幕派按预定计划发动政变，以天皇名义，解除幕府亲藩部队对宫廷诸门的警卫，改由西乡指挥的军队取而代之。宣布废除摄政、关白、幕府，设总裁、议定和参与三职，进而发布《王政大号令》，宣布一切权力重归天皇，除旧布新。

是夜，在皇宫小御所召开了首次三职会议，史称“小御所会议”。会上武力压制了公议政体派，强行通过了命令庆喜“辞官纳地”的决定。所谓“辞官”，就是剥夺德川庆喜的统治权；“纳地”，则是夺取德川庆喜的领地领民。它意味着要彻底消灭长达260年的江户幕府专制统治，无疑等于天皇政府下达了讨幕的命令。一场决定日本前途和命运的内战，迫在眉睫了。

小御所会议后不久，庆喜逃往大阪。他公开会见6国公使，表明不承认“王政复古大号令”和“辞官纳地”。又制定“讨萨表”，决心以“清君侧”的名义武力征讨萨摩藩。幕府海军副总裁榎本武扬率海军舰队在兵库海面，突然开炮袭击萨摩船只“平运号”，从而挑起战端。庆喜亲自率兵会同会津、桑名等藩兵，共15000人，从大阪沿淀川北上，兵分两路，向京都进攻。当时岩仓等公卿动摇不定，公议政体派又大肆反扑，情势危急。大久保、西乡等奋力反击，督促朝廷决定坚决征讨庆喜“朝敌”。

1868年1月3日黄昏，两军在鸟羽、伏见开战，宣布全面内战的开始。新政府军虽仅5000人，但在士气、装备和训练方面远远领先。幕军终于不敌，全线溃败。日本国内外形势为之一变：倒幕派击败了公议政体保守势力，取得了领导权，朝廷内力量对比发生了根本变化；原本处于观望的近畿以西各藩倒向讨幕；三井等三都特权商人抛弃幕府，以财力支持新政府；欧美各国承认新政府和幕府为对等交战团体，宣告保持中立，但事实上英、法通过大量出售武器，暗中支持各自的扶持力量。

奉命追讨德川庆喜的东征军包围了江户城，决定择期发动总攻。然而在关东地区人民起义日益高涨的形势下，引起了幕府、维新政府及西方列强的强烈恐惧。维新政府和对讨幕派有影响的英国公使，都“恐怕因决战而引起‘无知之民’的不测之变”。幕府军事总裁兼海军奉行胜海舟见识卓越，力主讲和。他从民族利益出发，担心“同族相煎，西洋诸国将乘虚而入”，不愿印度、中国之悲剧重演于日本。他又从统治阶级利益出发，担心幕府统治地区民心离反，有可能“敌军未到而都下瓦解”。于是总攻前一天，胜海舟与新政府军谈判，达成妥协。4月21日，江户“无血开城”。德川庆喜出奔，退隐于水户。

德川庆喜虽降，但一小撮旧幕吏仍负隅顽抗。在东北地区，以仙台、米泽藩为中心结成奥羽列藩同盟，并发展成奥羽越列藩同盟；在北海道，幕府海军副总裁榎本武扬成立“虾夷共和国”。1869年5月，发生函馆战役。榎本被迫出城投降。至此，持续一年半之久的戊辰战役，终于以江户幕府的彻底灭亡和新政府的最后胜利结束。