幕府末期江户幕府和长州藩之间的战争。[第一次]以禁门之变时长州军向皇宫开炮为借口，1864年（元治元年）7月天皇下令幕府追讨长州藩。幕府企图在征长总督前尾张藩主德川庆胜指挥下出动各藩的军队，但萨摩藩的西乡隆盛避免置长州一藩于死地，主张用离间长州本藩与支藩、分裂其内部的办法压制长州藩。长州藩在四国舰队炮击下关事件后藩内保守派得势，采纳支族吉川经千的意见，斩福原越后、益田右卫门介、国司信浓等三名家老和四个参谋，向幕府表示顺从。幕府军不战而于12月下令撤兵。
[第二次]高杉晋作等为了从保守派手中夺取长州藩的主导权，1864年（元治元年）12月至1865年（庆应元年）初在马关（下关）举兵，成功地夺取了藩政权。江户幕府认为长州企图作乱和私自与外国交易，上奏朝廷再次征伐长州，1865年9月获天皇批准。但朝廷及各藩反对再次征伐的气氛强烈，特别是萨摩藩拒绝出兵。1866年6月，幕府军开始同长州军交战。但幕府军的后方受到大坂、江户的捣毁运动和农民起义的威胁，战况也不利。长州方面则加强全藩军事体制，诸队和农兵队士气旺盛。因此幕府在十四代将军德川家茂病死在大坂城以后，8月接到朝廷关于停战的命令，年底以孝明天皇死的机会，向全国宣布撤兵令。由于第二次征伐长州的失败，幕府威信丧失殆尽，自此以后，幕府为中心的统治体制迅速崩溃。
