德川幕府面临的威胁有三个：列强、桀骜不驯的大名及头脑发热的武士。但幕府却手足无措，政策前后矛盾，无法应付此种新局面。幕府领导人在开始时采取妥协态度，但不如意时又采取强硬路线，以后一直在两者之间举棋不定。他们希望发奋图强，振作幕府，但又不愿下放权力。堀田的继任者井伊直弼（1815-1860），是德川幕府创立以来少数获得大老职位以统辖幕府的人。他放弃堀田的妥协政治，企图重建德川的垄断权力，因此不顾朝廷反对，在1858年7月径自与哈里斯签订《日美友好通商条约》。在继嗣问题上，他选择德川庆福为世子，并向朝廷及诸大名明确表示不要插手幕府的内政外交，当然亦包括将军继嗣问题。1858年，井伊兴起著名的安政大狱，很多改革派大名被迫退出幕府，德川齐昭亦遭软禁，约69名倒幕志士被杀或入狱。
不过为时已晚，倒幕的瓶口已打开，镇压行动亦无济于事。1860年3月，水户志士于江户城的樱田门外刺杀井伊，宣称井伊是个专横无道的大臣，不但杀戮同志，而且轻蔑天皇，大逆不道。井伊的后继者再次回到妥协路线，为了取得朝廷及有力雄藩的支持，幕府在某些关键地方做出让步，不过对激进派武士则未手下留情，继续镇压。而朝廷首都京都，无论在象征还是实质意义上，已变成各方力量竞逐权力的地方。
幕府的新领导人为推动其妥协政策，提出“公武合体”的口号。所谓“公”是指朝廷，“武”是指武家，但其实质意义则因人而异。对幕府而言，“公武合体”意指朝廷与幕府关系水乳交融，其象征是促成皇妹和宫下嫁新任将军德川庆福（出任后改名家茂）。对萨摩、长州及土佐等雄藩与水户、会津等亲藩大名而言，“公武合体”则别具含义，其意指政治权力由江户转移至京都，于此成立大名会议作为决策中心，因此将军降至与其他大名无异，最多只能说是首席大名的地位，但仍以天皇为侍奉中心。
幕府没有其他办法，只好接受部分大名改革的要求。1862年，幕府同意停止实行多年的参觐交代制，让大名可以改善其拮据的经济。幕府向来在政治上监管诸大名甚严，现在亦愿意松缚，允许诸大名可以使用余款加强各藩海陆军，以助国防，不过其结果却是增强了大名的反抗力量。幕府亦同意委任三个有力大名为“三大老”，成为将军的特别顾问。
幕府原来是希望借对大名让步以分化急进派武士与其藩主间的关系，得以全力对付急进武士。但这个愿望未能马上实现，反而在1862年与1863年，日本各地勤王志士大举在京都汇集，交结朝廷公卿。在尊王攘夷的口号下，他们不惜牺牲，用暗杀方式消灭政敌，京都顿时成为急进政治的温床。由于这些冒险犯难的武士不计成败，亦全无政治野心，他们的精神以及所策划的各种义举，在近代日本政治史上留下非常深远的影响。而幕府亦不得不再冒大不韪之风险，推动另一波颇具争议的新政策以夺回主动权。
1863年，志士说服孝明天皇，向幕府提出马上攘除夷狄的要求。幕府被迫由将军亲到京都商议此事，这是自1634年德川家光到京都以来幕府将军的首次上访。此行象征地缘政治中心已渐由江户转移到京都。幕府本来寄盼在“公武合体”的名义下，同情幕府的大名能助其一臂之力，说服天皇取消攘夷。但结果令幕府大失所望，虽然各雄藩均了解到攘夷是天方夜谭，在朝议上却保持缄默，特别是举足轻重的萨摩藩，在商议的关键时刻却偷偷溜走，故朝廷被攘夷派压倒性操纵。将军没有其他选择，只好接受1863年6月25日为攘夷日期，最后黯然离开京都。
幕府官员很清楚其自身力量实不足以执行所谓“攘夷令”，故到此日，江户什么事都没有发生。但远处九州岛南端的长州藩却不同，藩军队伍中的勤王志士向美舰开炮，美法军舰马上还击，战斗持续了好几个星期，最后美法军队在下关登陆，捣毁沿岸一些炮台作为报复。列强本还打算进一步采取行动，但幕府及萨摩在京都已先发制人，联手把长州志士及倒幕的朝廷公卿逐出首都。
幕府接下来的工作是巩固其胜利果实。幕府命会津藩组成一支队伍，监控京都内外一切活动，不过又答允天皇“马上”实施攘夷，其方式是在日后关闭横滨港口。朝廷由于其激进派已遭剪除，除了接受幕府所言外，亦无其他办法。然危机仍未完全化解，1864年，各地的勤王志士聚集于长州，而长州藩主亦容许他们活动。以长州为基地，他们策划下一波行动。新攻势是组织勤王军队向京都推进，另在京都发动政变，希望内外配合，将天皇从德川幕府势力下挽救出来。不过由于萨摩及会津两藩仍忠于幕府，结果激进派功败垂成。幕府乘势征伐长州，并明言长州若不想灭亡，藩主必须将攻击京都的为首者处死，长州藩主最后不得不屈服。由于激进者被遣散，温和派重掌长州藩政，幕府遂志得意满，下令撤军，一时间主张“公武合体”者似乎占了上风，日本政局重新走回温和路线。
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