由今日回顾，幕府的胜利很明显只不过是昙花一现，但在当时却不这么看。长州藩一败涂地，而德川庆喜则刚接任将军之职，年轻有为，颇有中兴气象。不过影响日本历史更重要的因素是过去数年的动荡不安，它逼使日本走上改变的道路，无论任何人当政都不能够再走回头路了。幕府及几个重要大名（尤其在九州）都已实施各项影响深远的政治及社会改造工作，其核心是广招人才，不论其出身背景，均能容纳至各军事及内政机构，进一步达成政治架构改造。
在幕府内部，戡定奉行（财政专员）小栗忠顺（1827-1868）从1865年便开始推动西式军事改革，其后更直接参与军务。小栗甚至考虑废除各名藩，成立一个全国中央政府。法国公使莱昂·罗什（LeonRoche）对此态度十分活跃，他积极提供小栗各种意见，甚至提供财政援助。但幕府中的保守派及旗本为了保护其传统利益，横亘在任何革新之中，因此小栗的军事及政治新政反而比不上一些地方大名改革的速度。1866年夏天，德川庆喜接任将军之职，支持小栗的改革计划。德川庆喜在1857-1858年的将军继嗣问题之争时，曾受当时改革派大名的支持，如今入继大统，决意与小栗及罗什合作，把幕府改造为一个西方民族国家政府。虽然幕府的保守力量仍不愿有任何改变，但革新已着手进行。整个改革方式与数年后的明治维新其实相当类似，假使幕府有幸“存活”下来，它的政治体制也许与其取代者不会有太大差异。
德川幕府的失败归于两个因素。首先是权力难以分享，各个外藩领导人大多不愿再回到昔日为德川臣属的状况，其中以长州及萨摩尤为明显；其次是各藩武士均已推动大规模改革，并取得军队领导权，有时连藩主亦无法控制他们，他们直接挑战德川权力，并将之击败。
长州志士在1864年的确遭遇滑铁卢之役，被赶出权力圈，但幕府并未彻底击溃他们，志士余党仍然活跃。他们利用西方武器及西法组成非正规部队，而且在兵队组织上有一重大社会突破，即容许农民参军（虽然有时农民是被胁迫的），其中又以长州藩高杉晋作（1839-1867）的奇兵队最为著名。在德川约260年的统治中，农民一直被严禁参军甚至持有武器，但现在却有机会上战场。农民参军的动机也许因人而异：有以参军为荣，亦有以参军是为天皇或国家服务。然无论如何，农民与武士所组成的军队具有高昂士气，战斗能力亦强。1865年，高杉晋作的奇兵队首先在长州藩内战中旗开得胜，藩的领导权再次落入激进派手中。由于长州类似萨摩，在十数年前便开始改革藩的财政，故藩内收支一向有剩余，长州军人有经济能力向英国购买武器及军舰，逐步发展成一支战斗力甚强的军队。
萨摩虽没有长州激进，直接挑战幕府权威，但亦一直促进其军队的现代化。由于萨摩实行重商政策，鼓励出口及种植如甘蔗一类的经济作物，故藩库收入甚丰，财政状况良好。同时萨摩亦如长州一样，拥有比例甚高的武士，一方面是防范幕府，另一方面亦因该藩离江户较远，幕府鞭长莫及。因此在先天背景上萨摩与长州十分相近，似乎应有合作空间，不过事实却不然，要把两藩牵引在一起并不容易，需要有一个无利害关系的第三者来催生。
土佐藩的坂本龙马担任了这个历史性的使命。前面提及坂本要刺杀胜海舟，但在胜的游说下，坂本由一个攘夷刺客转变为一个开国论者。1866年坂本秘密为萨摩及长州两藩做中介，助其结成秘密同盟，盟约规定若幕府攻击两藩中任何一方，另外一藩会给予支援。对付幕府的时机很快便到来，1866年夏天，幕府眼看长州的勤王志士日渐取回藩内控制权，它绝对不能忍受长州的第二次威胁，因此下令再次征伐长州，并命各大名参加。然而由于有盟约在先，萨摩拒绝参加，有些大名亦跟进。幕府因为师出无名，士气不振，结果为长州大败。
幕府不但战败，更严重的是幕府军队在众目睽睽下由本州岛南端溃散回来，威信大失，德川幕府的瓦解似乎指日可待，人民对未来浮想联翩，甚至有种大乱将至、末世即临的感觉。在幕府统治的最后两年中，农民反抗事件层出不穷，有些是反对苛捐杂税，有些则直接攻击农村的领导精英。其中以1866年最为突出，当年共有35次都市暴动，106次农民起事，大部分都发生在第二次长州之战以后。
最不寻常而又饶具趣味的是，在1867年末日本出现大规模的庆祝活动，范围由江户至大阪遍及整个本州岛中部，参与者极尽欢乐之能事，类似嘉年华会。事情起源于大阪、京都、名古屋以及很多城镇突然从天降下吉祥符咒。在少数地方，当局抓到一些人从屋顶撒下符咒，目的是要制造气氛，但是不是所有符咒都是有人故意制造或真的来自天意，现在无从稽考，但它却产生了强大效果。只要在有符咒降落的地方，人们都会跑到街上，尽情唱歌、跳舞及纵酒。他们的所作所为，是要挑战现有秩序。仔细看当时所留下来的歌曲内容，它们强烈反映出德川幕府覆灭前的政治斗争气氛，而大部分人都是站在倒幕一方。一个在大阪居住的英国人曾在1867年记下其所见所闻：
群众都穿上节日衣服，一面跳舞，一面唱着“这不是很好吗，这不是很好吗？”的歌曲，房屋用各色米饼、蜜柑、香袋、稻草及花朵装饰得一片热闹。衣服则是红色庆服，间中亦有蓝或紫色，很多舞者的头上都戴有红灯笼。群众如此狂热的原因，据说是天上掉下来无数纸片，上面写着伊势神宫两位神明的名字。
在上述极不寻常的突发性风潮影响下，无论幕府还是大名阵营，其重要人物均了解到后德川时代即将来临，他们必须谨慎计算出下一步的走法。问题的核心是谁能掌握发言权：是否由一个包容性强的大名会议取代幕府，最后走上类似西方议会制度的形式？或是由少数倒幕人士垄断新政权，形成寡头政治？答案当然不会马上出现，这些问题不只在倒幕时期存在，它亦是以后数十年间日本政治史上极为重要的问题。
在此关键时刻，土佐藩的坂本龙马及后藤象二郎（1838-1897）再度发挥其中介角色的作用。土佐的构想是以英国模式取代幕府，即以贵族及平民二院作为政权基础，贵族院由大名组成，平民院则由下级武士以及平民组成。1867年11月，将军德川庆喜终于被说服接受该建议，他向天皇上表，实行所谓“大政奉还”，同意卸去将军之职，天皇拥有主权名义及最后裁决权力。不过德川家保有原有领地，仍是最有影响力的大名，故在未来的大名会议中，幕府估计仍可继续扮演领导角色。
对幕府而言，它已经做出最大让步，但萨摩、长州及朝廷内的倒幕力量仍不满意，1867年12月，萨长联军进军京都，取得首都控制权。在萨长进军京都以前，孝明天皇崩殂，明治天皇新任帝位，联军入京后促请天皇维新。1868年1月，明治天皇宣布废除幕府，设置总裁、议定、参与三职，由朝廷公卿、大名及武士担任，对天皇负责，而德川在新政府中则无任何实职。这自然引致幕府怨恨，幕府与萨长军队遂发生冲突，但节节败退，由京都退回江户。1868年4月，胜海舟不经一战而举江户城投降倒幕阵营，对他而言，幕府实已日薄西山，不值得拼力死战，相反，如何和平建立新政治体制才是当前最重要的问题。
并非所有幕府派都效忠天皇，认同一个民族国家的政治实体。本州岛北部的大名对倒幕派尤其不信任，他们害怕会被萨长派摒斥于新政权之外，故誓死反抗到底，因而引起一场死伤惨重的战争，成为幕府及其效忠大名的最后堡垒。故明治天皇虽在1868年1月正式宣布“维新”，但战事真正平息则要到18个月以后，会津之役伤亡最为惨重，据说有3000人死于战事中。
因此幕府的败亡并非兵不血刃，这在政治上其实是一场相当大的震动，引起不少混乱。然而经过攘夷派及倒幕派的多年活动，各地的勤王志士对政治及社会体制均已有新认识，大异传统。例如在19世纪60年代初，幕府及大名均派出代表团出使欧美，大部分代表在实地考察后，均放弃所谓立即“攘夷”的妄想。虽然各人之反应仍有差异，但这已反映出他们开始了解到西方科技以及政治制度的优点。
到1868年，有些人的想法更大胆，他们主张师夷长技以制夷，打算生聚教训十年后再驱逐洋人，现在他们连这种战术让步也放弃了。他们认识到日本最终无法自外于这个全球性的民族国家体制，这反映出志士们已出现某种民族自觉，至少在武士阶级中民族主义已经滋长。就民众方面而言，他们亦非如一般武士所认为的那样愚蠢或无知，他们对时局的变动抱有期待，甚至可以说有解放的感觉。很少人会为幕府的崩溃而悲哀，不过亦有很少人马上认同新政权。究竟谁会成为新的政治领导人？新政权会是如何的样子？当明治天皇在满天飘舞的符咒中宣布维新政府成立时，各种基本问题其实仍悬而未决。
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