兴福寺的五重塔险遭烧毁

以“神武创业”、“祭政一致”为国家理念的维新政府以伊势神宫统辖全国神社，为日后施行国家神道奠立基础。日本人的宗教观向来神佛习合，寺院与神社也难分彼此，就连象征神社的鸟居也有不同的起源之说，部分说法认为鸟居是随着佛教传入的中国牌坊“华表”，其他的说法则认为是古印度舍利塔的石门“托拉纳”。

对于企图让日本传统神话与神社结合的维新政府而言，佛教是路上非排除不可的大石头，于是在1868年（庆应四年）3月13日发布了“神佛判然分离令”。

据传当时的政府本无意打压佛教，但要让长年繁密结合的神佛分离，某一方必然会被毁灭。或许是在狂热的神道家鼓吹下，各地卷起废佛毁释的暴风雨。

第一波的破坏出现在近江的日吉山王权现社。神官们闯入本殿焚毁佛像与佛具，奈良的兴福寺也被全面破坏，许多佛堂与佛塔也因为“大春日神宫”这项计划而被破坏。

现在被视为国宝的五重塔被迫以二十五日元售出之余，为了取得塔中的金属配件还差点被整座烧掉，幸亏当地居民反对才得以中止。

由于没有固定的物价指敷，所以明治初期的物价很难换算成现在的物价，但就明治中期至后期的高级公务员月薪为五十日元来看，等同国宝的五重塔仅以区区数十万日元就售出。

甚至传出与德川家有渊源的芝增上寺、上野宽永寺被悉数烧毁，镰仓长谷的大佛被拆卖至外国的谣言。废佛最为激烈的地区莫过于萨摩藩的领地。从1616年就存在的寺院全灭，约三千名的僧侣被迫还俗或服兵役。虽然各地区的废佛活动不尽相同，但许多国宝级文化资产的伽蓝、佛像与佛具都于此时毁损。

于2011年（平成二十三年）庆祝创建1800年，全国超过二千处的住吉社总社住吉大社（大阪市住吉区）因为祀奉神功皇后而与皇室渊源深厚，在大阪拥有最多的初诣香客，当地人常昵称为“住吉先生”，在大社境内的北侧曾有一处规模与本殿相当的大伽蓝“住吉神宫寺”。

神宫寺曾在平安时代局部烧毁，于1606年（庆长十一年）由丰臣秀赖着手重建后，据说本堂、东西双塔、法华三昧堂、常行三昧堂、大日堂、护摩堂这些壮丽的伽蓝曾如鱼鳞般排列，后继虽被战火烧毁，又由德川秀忠复原，直到幕末都得以维持原貌。

进入明治维新时期后，废佛毁释的暴风雨也殃及住吉大社，1873年（明治六年）2月之后，神宫寺面临被拆毁命运。

“除本堂之外，其余伽蓝不是被拆卖就是被烧毁，但最后的下场如何，却没留下纪录，许多佛像与文件也下落不明”，住吉大社的神武磐彦权宫司如此提到。

在众多伽蓝之中的西塔以五日元多卖给德岛县阿波市的切幡寺，在解体与移建之后被称为“大塔”，目前是德岛县的指定重要文化资产。

其他象是“五大力菩萨绘像”挂轴则有五幅被高野山接收，目前也是国家的重要文化资产。部分的回廊与门板也被移至其他寺庙或神社，大伽蓝的“石片”流落至各地。

神武权宫司一脸遣憾地提到：“假若伽蓝能保有完整，诸多佛像、佛具或古文书一定会被同纳为重要文化资产”

唯一于神社境内幸存的神宫寺建筑物是护摩堂。之所以能逃过一劫，全因护摩堂在江户元禄时代归神社所有，进入明治时代后，曾因祭祀大国主命而更名为“招魂社”，目前于神社后方静静矗立，也是重要文化资产。神武权宫司提到“神佛分离与废佛毁释运动平息后，神社并非因此受惠，例如住吉的官币大社在宫司的人事以及各层面都被国家接管，落入动弹不得的局面”，可见神社在过去这段历史之中也是受难的一方。